La diferencia básica entre ambas consiste en la fuente del condicionamiento.

En el condicionamiento respondiente, se produce una respuesta a un estímulo E', el cual originalmente se producía de forma refleja frente a un estímulo E, debido a la asociación que realiza el organismo entre E y E'. El clásico ejemplo es el del Perro de Pavlov.

En el condicionamiento respondiente, en cambio, varía la frecuencia de una conducta voluntaria debido a la asociación entre ésta y sus consecuencias. La consecuencia que aumenta la tasa de respuesta para una conducta se denomina refuerzo. (Ver caja de Skinner )